在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，戴上了携带炸弹的ID，进入游乐园也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。

　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤。”神秘男子的电脑屏幕上显示着新一与兰的照片。

　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是……

　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的青梅竹马和叶也进入游乐场，成为了人质，白马探（基德装扮的）也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着，当大家就要解开所有的谜题时，却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样……

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